Agar pelaksanaan reformasi birokrasi dapat berjalan dengan baik, maka perlu dilakukan pengelolaan yang baik pula. Untuk itu perlu dibentuk tim yang diberi tugas untuk melakukan pengelolaan reformasi birokrasi agar seluruh rencana aksi dapat dilaksanakan sesuai dengan target dan jadwal yang telah ditentukan.
Organisasi pelaksanaan reformasi birokrasi terdiri dari 2 (dua) tingkatan, yaitu Tim Pengarah dan Tim Pelaksana.